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[药品研发] 抗体药物开发工具汇总

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药徒
发表于 2021-2-28 18:15:12 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 山顶洞人 于 2021-6-11 10:13 编辑

序列相关

密码子表达优化:Jcat

http://www.jcat.de

核酸翻译为蛋白:Translate

https://web.expasy.org/translate



序列比对和搜索:NCBI Blast,Uniprot Blast,HMMER,HHblits

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

https://www.uniprot.org/blast

https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/search/phmmer

https://toolkit.tuebingen.mpg.de/hhblits



序列比对的作图:ESPript, Jalview

http://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/#

https://www.ebi.ac.uk/~michele/jalview/contents.html


蛋白质家族搜索:Tigr,pfam

http://blast.jcvi.org/web-hmm

http://pfam.xfam.org



引物设计的质量:MFEprimer

https://mfeprimer3.igenetech.com/databaselist

蛋白特性预测

突变影响功能预测:MutPred

http://mutpred.mutdb.org



突变热稳定性预测:AutoMute, PPSC, MUpro, cupsat, Eris, sdm, DFIRE, POPMUSIC, IMUTANT, MUTDB

http://proteins.gmu.edu/automute

http://structure.bmc.lu.se/PPSC

https://www.ics.uci.edu/~baldig/mutation.html

http://cupsat.tu-bs.de

http://eris.dokhlab.org

http://mordred.bioc.cam.ac.uk/sdm/sdm.php

http://sparks.informatics.iupui.edu/hzhou/mutation.html

http://babylone.ulb.ac.be/popmusic/

http://folding.biofold.org/i-mutant/i-mutant2.0.html

http://mutpred.mutdb.org/about.html

蛋白质pKa值预测:H++, Propka, Depth

http://biophysics.cs.vt.edu

http://propka.ki.ku.dk

http://mspc.bii.a-star.edu.sg/tankp/intro.html

蛋白质自聚集分析:AGGRESCAN

http://bioinf.uab.es/aggrescan

糖基化位点的预测:NetNGlyc

http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc

信号肽位点的预测:SignalP

http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP

核定位序列的预测:NucPred,cNLS Mapper



http://www.sbc.su.se/~maccallr/nucpred

http://nls-mapper.iab.keio.ac.jp/cgi-bin/NLS_Mapper_form.cgi

蛋白质结构相关

相似结构搜索:PDBeFold



https://www.ebi.ac.uk/services

二级结构预测:CFSSP, GOR4, PORTER, PsiPred

http://www.biogem.org/tool/chou-fasman

https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_gor4.html

http://distill.ucd.ie/porter

http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred



三级结构预测:I-TASSER,SwissModel

http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER

http://www.swissmodel.expasy.or

突变结构预测:RosettaBackrub

https://kortemmelab.ucsf.edu/backrub/cgi-bin/rosettaweb.py?query=index

短肽结构预测:PEP-FOLD

https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/PEP-FOLD



螺旋结构作图:Wheel,Helical_Wheel

http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi

http://www-nmr.cabm.rutgers.edu/bioinformatics/Proteomic_tools/Helical_wheel

跨膜β 桶预测:BetAware

https://betaware.biocomp.unibo.it/BetAware



跨膜螺旋预测:TMpred,Phobius,TMHMM

http://embnet.vital-it.ch/software/TMPRED_form.html

http://phobius.sbc.su.se

http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM



振动模式分析:Cabsflex2



http://biocomp.chem.uw.edu.pl/CABSflex2/submittarget

无折叠区预测:DisEMBL,GlobPlot

http://globplot.embl.de


http://dis.embl.de


结构域的分割:DomainParser

http://compbio.ornl.gov/structure/domainparser

常用工具软件:PDBtools,PDBePISA

http://cao.labshare.cn/Tools/index.html

http://www.ebi.ac.uk/pdbe/pisa

ROSETTA软件:ROSIE (Rosetta Online Server that Includes Everyone)

https://rosie.rosettacommons.org




免疫相关

可变区的识别:AbRSA, Abnum

http://aligncdr.labshare.cn/aligncdr/index.html

http://bioinf.org.uk/abs/abnum

三维结构预测:PIGS, ABodyBuilder

http://circe.med.uniroma1.it/pigs/index.php

http://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/sabdab-sabpred/Modelling.php


抗体接触位点:proABC

http://circe.med.uniroma1.it/proABC

抗体序列搜索:IMGT/V-QUEST, IgBlast

http://www.imgt.org/IMGT_vquest/vquest

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast/igblast.cgi

抗体序列数据:VBASE2, abYsis

http://www.vbase2.org

http://www.labshare.cn/biosoft

抗原表位预测:SEPPA3

http://www.badd-cao.net/seppa3



MHC多肽预测:NetMHCpan, NetMHC

http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHCpan

http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC

相互作用相关

相互作用热点预测:KFC2, HotPOINT

http://kfc.mitchell-lab.org

http://prism.ccbb.ku.edu.tr/hotpoint

蛋白蛋白分子对接:ZDOCK,QASDOM,PatchDock

http://zdock.umassmed.edu



http://qasdom.eimb.ru/qasdom.html


蛋白配体分子对接:CB-Dock,SwissDock,MTiOpenScreen

http://cao.labshare.cn/cb-dock

http://www.swissdock.ch/docking

http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/MTiOpenScreen

蛋白配体结合模式:PLIP, LigPlus

https://projects.biotec.tu-dresden.de/plip-web/plip/index

https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus



蛋白质口袋区预测:Depth, ConCavity, CavityPlus

http://mspc.bii.a-star.edu.sg/tankp/intro.html

http://compbio.cs.princeton.edu/concavity

http://www.pkumdl.cn/cavityplus

药物设计相关

药物聚集特性预测:ChemAGG

http://admet.scbdd.com/ChemAGG/index

药物药代特性预测:SwissADME

http://www.swissadme.ch


药物靶点蛋白预测:SwissTargetPrediction,HitPickV2, TargetNet

http://www.swisstargetprediction.ch

http://www.hitpickv2.com

http://targetnet.scbdd.com



数据库

核酸序列数据库:GenBank

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank



蛋白序列数据库:UniProt, Swiss-Prot

http://www.uniprot.org

http://www.uniprot.org


蛋白质结构数据:RCSB PDB

http://www.rcsb.org

http://www.rcsb.org

蛋白结构增强集:PDBFINDER

http://swift.cmbi.ru.nl/gv/pdbfinder

常用小分子库集:Click2Drug

http://www.click2drug.org/directory_SmallMoleculesDatabase.html

抑制剂分子购买:Selleckchem

http://www.selleckchem.com

p://www.labshare.cn/drsp/index.php


无折叠蛋白质库:DisProt

https://www.disprot.org


肿瘤突变信息库:cBioPortal for Cancer Genomics

http://www.cbioportal.org

药物分子信息数据:PubChem,DrugBank ChEMBL

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov


https://www.drugbank.ca


https://www.ebi.ac.uk/chembl


以上工具软件仅供参考,在使用过程中请注意信息保密,并自行承担全部责任;本文如有侵权请留言联系删除。其它更多内容请关注公众号内容。



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药生
发表于 2021-3-1 08:43:52 | 显示全部楼层
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药徒
 楼主| 发表于 2021-3-1 12:34:41 来自手机 | 显示全部楼层
看来抗体药物开发的人不多,大多都是小分子的
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药徒
 楼主| 发表于 2021-3-1 17:29:59 来自手机 | 显示全部楼层
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药徒
 楼主| 发表于 2021-3-2 15:13:33 来自手机 | 显示全部楼层
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药徒
发表于 2021-3-8 11:12:41 | 显示全部楼层
好东西,学习下
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药徒
发表于 2024-1-11 13:32:51 | 显示全部楼层
总结的全面,谢谢分享
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