QSAR：ToxTree预测基因毒性杂质

偶尔范范小糊涂

ICH M7 为限制潜在致癌风险而对药物中DNA活性（诱变性）杂质进行的评估和控制

“6.危害性评估的因素”：危害性评估首先通过对数据库和文献的检索获得的杂质致癌性和细菌致突变数据对实际和潜在杂质进行初步分析，根据表1将其归为1类，2类或5类。

如果无法获得这样的分类数据，则应进行预测细菌致突变性的构-效关系（SAR）评估。根据评估结果将杂质归为3类、4类或5类。

计算机毒理学应采用（定量）构-效关系（QSAR）方法学进行毒性评估，目的是预测细菌致突变试验的结果。

应采用两种互补的QSAR预测方法。一种方法应基于专家知识规则，另一种方法应基于统计学。

QSAR模型采用的这些预测方法学应遵循经济合作与发展组织（OECD）制订的一般的验证原则。

如果经两种互补的QSAR方法（专家知识规则和统计学）预测均没有警示结构，则足以得出该杂质没有致突变性担忧的结论，不建议做进一步的检测（归为表1中的5类）。

官方认可的软件：专家知识规则软件有DEREK、ToxTree等，基于统计学软件有SarahNexus等，

其中ToxTree是免费的（Toxtree由欧盟委员会的欧洲化学品局联合研究中心开发），本文安利ToxTree操作过程。

ToxTree下载地址如下：

http://toxtree.sourceforge.net/

Chemical congounds →Edit compound→编辑结构式，OK→ToxicHazard→ Estimate→ClassIII，高风险

学习之名

感谢分享。
目前也准备做评估。但有的原料药杂质不知道结构，没法弄，发愁

偶尔范范小糊涂

2. 在Method菜单选择决策树，其中: 通常选择这两个决策树：Carcinogenicity (genotox and nongenotox) and mutagenicity rules by ISS为致癌和致突变决策树，In vitro mutagenicity (Ames test) alert by ISS为体外遗传毒性（Ames试验）决策树。





3.点击Estimate预测结果，可在方法中查看决策树的文献来源、预测方法以及性质机理，十分便捷。

负红颜

免费吗？还是试用版

偶尔范范小糊涂

负红颜 发表于 2022-3-7 14:42
免费吗？还是试用版

免费的。。。。。。。。。
都不看文字的吗

xyy0250119

请问老师，各物质的结构式如何画呢

偶尔范范小糊涂

xyy0250119 发表于 2022-3-7 16:07
请问老师，各物质的结构式如何画呢

Edit compound→编辑结构式

xyy0250119

偶尔范范小糊涂 发表于 2022-3-7 16:08
Edit compound→编辑结构式

这个从您第一次发的说明中就已经知道了，比如我需要查一下邻硝基苯甲醛的基毒性质，但是硝基如何书写，一直没有找到

偶尔范范小糊涂

xyy0250119 发表于 2022-3-7 16:23
这个从您第一次发的说明中就已经知道了，比如我需要查一下邻硝基苯甲醛的基毒性质，但是硝基如何书写，一 ...

NO2---怎么不会变通N画2个键（一个O+一个O）

负红颜

偶尔范范小糊涂 发表于 2022-3-7 15:06
免费的。。。。。。。。。
都不看文字的吗

太长，懒得看。

xyy0250119

偶尔范范小糊涂 发表于 2022-3-7 16:57
NO2---怎么不会变通N画2个键（一个O+一个O）

非常感谢

cindychujiajia

感觉很有帮助

天天dmw

感谢分享！

CY233

有免费的基于统计学的软件吗？

偶尔范范小糊涂

CY233 发表于 2022-12-21 16:02
有免费的基于统计学的软件吗？

有，基于免费统计学，比如OECD QSAR Toolbox，T.E.S.T.

zj7568fdbd

谢谢分享，非常有用

funstone

免费的大家都喜欢。

哈鲁酱

偶尔范范小糊涂 发表于 2023-10-18 10:13
有，基于免费统计学，比如OECD QSAR Toolbox，T.E.S.T.

请问QSAR toolbox是统计学规则还是专家规则软件

偶尔范范小糊涂

哈鲁酱 发表于 2023-12-15 15:54
请问QSAR toolbox是统计学规则还是专家规则软件

注意审题呀，基于免费统计学，比如OECD QSAR Toolbox。

你说是基于啥？

dust_100

老师们，请教下。
1、每次只能选择一种规则，请只能评估一个化合物吗？
2、只需要选择楼主写到的两种规则就可以了吗？
3、保存结果的话保存pdf的话，看不到软件信息，这个就这样子吗？