弗莱明让他的助手分离出青霉素。他们发现,青霉素不稳定,只能得到杂质很多的粗提物。1929年6月,弗莱明在《英国实验生理学杂质》(British Journal of Experimental Pathology)上报道了这一发现。在论文中,他提到了青霉素在医疗上的可能用途。不过,因为没有实现青霉素的分离纯化,这也就仅仅只是一种猜想而已。弗莱明认为,青霉素的主要用途是在细菌研究中,可以依据对青霉素是否有抗性而对细菌进行筛选。这种用途虽然没有治病救人那么具有商业前景,但也足够吸引人们对它进行研究。然而,可惜的是,那个时代的研究者都没有能分离纯化出青霉素。它的前途,也就因此蒙上阴影。